Với 28 triệu người ở khu vực đô thị, gần 10 triệu xe sử dụng hàng ngày, và hệ thống tàu điện ngầm còn hạn chế, Jakarta luôn gặp khó khăn về vấn đề giao thông. Thành phố bị thiếu các dịch vụ vận tải công cộng đô thị do sự phát triển ưu tiên của các mạng lưới đường bộ, chủ yếu được thiết kế để đáp ứng các phương tiện cá nhân.

Năm 2004, một nghiên cứu đã được tiến hành để chuẩn bị một kế hoạch tổng thể cho một hệ thống giao thông công cộng hợp nhất trong Jabodetabek, cho thấy hầu hết các chuyến đi được thực hiện bằng phương tiện giao thông không có động cơ (đặc biệt là đi bộ) và nhiều phương thức cung cấp dịch vụ vận tải đáp ứng yêu cầu.

Đường bộ

Mạng lưới đường có kết cấu đã được phát triển vào đầu thế kỷ 19 như là một phần của Đường Great Post của Java bởi cựu Thống đốc Daendels, kết nối hầu hết các thành phố lớn trên khắp Java. Trong những thập kỷ tiếp theo, mạng lưới đường bộ đã được mở rộng đến mức lớn, mặc dù nó không thể theo kịp với sự gia tăng nhanh chóng của số lượng xe cộ, dẫn đến tình trạng tắc nghẽn giao thông cao.

Một đặc điểm nổi bật của hệ thống đường bộ hiện tại của Jakarta là mạng lưới đường cao tốc. Bao gồm một vành đai trong và ngoài và năm đường thu phí chiếu ra bên ngoài, mạng lưới cung cấp các kết nối bên trong cũng như bên ngoài thành phố. Jakarta Outer Ring Road 2 là một tuyến đường bộ được quy hoạch quay vòng quanh khu vực rộng lớn của Jakarta, song song với Đường Vành đai Jakarta (JORR 1). Sáu tuyến đường cao tốc đang trong tiến trình đấu thầu.

Năm đường thu phí bức xạ là:

• Đường Tiến sĩ Sedicatmo Tiến sĩ Sedyatmo nối với Sân bay Quốc tế Soekarno-Hatta
• Đường cao tốc Jakarta-Tangerang nối với Tangerang và xa hơn tới Merak ở phía tây
• Đường cao tốc Jakarta-Serpong nối với Serpong
• Đường thu phí Jagorawi nối với Bogor và Ciawi ở phía nam
• Đường Toll Jakarta-Cikampek nối Bekasi và Cikampek ở phía đông

Trong những năm qua, nhiều nỗ lực đã được thực hiện để giảm tắc nghẽn giao thông trên các con đường huyết mạch của Jakarta. Các giải pháp được thực hiện bao gồm luật về giờ cao điểm "ba-trong-một", trong đó các xe ô tô chở ít hơn ba hành khách bị cấm lái xe trên các con đường chính. Một ví dụ khác là lệnh cấm xe tải qua những con đường chính trong ngày.

Đường không

Jakarta có Sân bay Quốc tế Soekarno-Hatta. Sân bay được đặt tên theo tên vị tổng thống thứ nhất của Indonesia Sukarno, và phó tổng thống thứ nhất Mohammad Hatta. Đây cũng là một trong các sân bay bận rộn nhất thế giới. Đây là sân bay chính phục vụ khu vực đại đô thị Jakarta trên đảo Java, Indonesia. Sân bay tọa lạc 20 km về phía tây của Jakarta, ở Tangerang Regency, Banten. Sân bay hoạt động từ năm 1985 và nhà ga 2 được mở cửa năm 1992 thay thế cho Sân bay Kemayoran (các chuyến bay quốc nội) ở Trung tâm Jakarta, và Halim Perdanakusuma (các chuyến bay quốc tế, vẫn còn hoạt động) ở Đông Jakarta. Người Indonesia gọi sân bay này là Cengkareng. Mã IATA là CGK lấy từ tên Cengkareng. Sân bay có diện tích 18 km², có 2 đường băng và 2 nhà ga chính với nhà ga 1 phục vụ hai hãng Garuda Indonesia và Merpati Nusantara Airlines, nhà ga 2 phục vụ các hãng khác.

Soekarno-Hatta là sân bay lớn và nhộn nhịp nhất ở Indonesia với số lượng hành khách khoảng 60 triệu lượt mỗi năm và sẽ tiếp tục tăng trong thời gian tới, khi sân bay vừa được xây thêm nhà ga Terminal 3. Để thích ứng với nhu cầu ngày càng tăng phục vụ các chuyến bay đi và đến từ các nước trên thế giới, sân bay này đang được tiếp tục phát triển cơ sở hạ tầng tổng thể.

Từ năm 2014, mặc dù đứng thứ 8 thế giới về lượng hành khách và đứng thứ tư về về quy mô nâng cấp trong Liên minh hàng không Skyteam, song sân bay Soekarno-Hatta mới được xếp ở vị trí 60 trong danh sách các sân bay tầm cỡ quốc tế, mặc dù đã có bước nhày vọt đáng kể từ vị trí 113 năm 2013.

Đường sắt

Đường sắt đường dài và các dịch vụ xe điện địa phương lần đầu tiên được giới thiệu trong thời kỳ thuộc địa của Hà Lan. Trong khi xe điện được thay thế bằng xe buýt trong thời kỳ hậu thuộc địa, đường sắt đường dài tiếp tục kết nối thành phố với các vùng lân cận cũng như các thành phố trên khắp đảo Java. Trạm chính cho các dịch vụ đường dài là Gambir và Pasar Senen. Hệ thống đường sắt đi lại KRL Jabodetabek kết nối các khu vực trong Đại đô thị Jakarta. Trạm đường sắt chính của tuyến đường xe điện là Jakarta Kota, Jatinegara, Tanah Abang, Duri, Pasar Senen, Manggarai và Sudirman. Đường sắt cao tốc được lên kế hoạch kết nối Jakarta-Bandung và Jakarta-Surabaya.

Ngày 24 tháng 3 năm 2019, Jakarta chính thức khai trương tuyến tàu điện ngầm đầu tiên sau 6 năm thi công. Tuyến tàu điện ngầm số 2 cũng được khởi công trong thời gian này và dự kiến đi vào hoạt động năm 2024.